Примером противоречивости правового регулирования является ситуация, сложившаяся с налогообложением деятельности учреждений здравоохранения в системе ОМС. Как известно, государственные внебюджетные фонды (к которым относится и фонд ОМС), входят в бюджетную систему Российской Федерации (ст. 6 Бюджетного кодекса РФ). Поэтому в соответствии со ст. 251 Налогового кодекса РФ суммы финансирования из бюджетов государственных внебюджетных фондов относятся к целевым поступлениям, т. е. к доходам, не учитываемым при определении налоговой базы налога на прибыль. Однако на практике медицинские учреждения обычно получают указанные средства не непосредственно из фондов ОМС в виде прямого финансирования, а через страховые медицинские организации по договорам гражданско-правового характера в соответствии с объемами оказанных услуг. Во многих случаях налоговые органы отказываются признавать эти доходы целевыми поступлениями и настаивают на включении их в налоговую базу.
К сожалению, во многих отношениях изменения налогового законодательства оказывают неблагоприятное воздействие также и на наполняемость бюджетов регионального и местного уровня и соответственно на финансовые возможности поддержки здравоохранения. Так, в результате налоговых изменений регионы в последние годы лишились значительной части доходов, которые ушли в федеральный бюджет. При этом основная финансовая нагрузка по обеспечению граждан бесплатной медицинской помощью остается за регионами — местными бюджетами и бюджетами субъектов Федерации. Более того, государственная политика, направленная на ослабление налогового бремени, будучи положительной сама по себе, во многих случаях оказывается невыгодной для региональных бюджетов (и соответственно для здравоохранения). К примеру, согласно действующему законодательству, основная часть налога на прибыль направляется в бюджеты субъектов Федерации, и уменьшение налоговой ставки налога на прибыль сильнее всего сказывается именно на региональных бюджетах. Что же касается положительных сторон снижения налогового бремени, то они проявляются прежде всего в стимулировании роста производства, логичным результатом чего является рост налоговых поступлений от налога на добавленную стоимость, который в свою очередь направляется в Федеральный бюджет.
Серьезные противоречия в правовом регулировании обнаруживает и реализация закона РФ "О медицинском страховании граждан в Российской Федерации". Выше уже отмечалась недостаточность правового регулирования в сфере ОМС. Здесь хотелось бы обратить внимание на наличие противоречий вышеуказанного закона с другими нормативными актами. Несмотря на наличие закона, устанавливающего единые принципы медицинского страхования, в каждом субъекте Федерации реализуются свои модели ОМС, причем нередко прямо противоречащие принципам, заложенным в законе (отсутствуют страховые организации или территориальные фонды ОМС; органы исполнительной власти не вносят средства на страхование неработающего населения и т. д.). Это стало результатом как несовершенства самого закона, носящего по большей части декларативный характер, так и того, что он вступил в противоречие с рядом законодательных актов, предоставляющих широкие права субъектам Федерации в регулировании финансовых и социальных вопросов в своих регионах.
Наличие правовых норм, имеющих спорное толкование. К числу правовых норм, вызывающих наибольшее число споров по экономическим вопросам, относятся вопросы оплаты труда и ценообразования при оказании медицинскими учреждениями платных услуг. Так, действующий Трудовой кодекс РФ (ст. 135) определяет, что установление заработной платы работникам организаций со смешанным финансированием (бюджетное финансирование и доходы от предпринимательской деятельности) производится в соответствии с законами, иными нормативными правовыми актами, коллективными договорами, соглашениями, локальными нормативными актами организаций. Вышестоящие органы управления здравоохранением обычно трактуют эту статью следующим образом: коллективные договоры, соглашения, локальные нормативные акты медицинских учреждений действуют в том случае, если они не противоречат действующим нормативным актам и решениям вышестоящих органов (в том числе и приказам соответствующего органа управления здравоохранением). Формально это верное толкование, однако оно не учитывает различий в источниках финансирования. Дело в том, что, как видно из предыдущей фразы этой же статьи Трудового кодекса, соответствующими законами и иными нормативными правовыми актами заработная плата устанавливается лишь для работников, чья деятельность финансируется из бюджета. Отсюда вытекает, что для работников, оказывающих платные услуги, заработная плата устанавливается коллективными договорами, соглашениями, локальными нормативными актами организаций, т. е. медицинские учреждения самостоятельно регулируют этот вопрос, тем более что в ст. 161 Бюджетного кодекса РФ указано, что "бюджетное учреждение при исполнении сметы доходов и расходов самостоятельно в расходовании средств, полученных за счет внебюджетных источников".