На третьем этапе осуществляется процесс последовательного исключения нозологических форм, включенных ранее в дифференциальный ряд, т.е. критическая сравнительная оценка выявленных симптомов, результатов исследований и их совокупностей – аргументация «за» и «против» (контраргументы). Примером может служить дифференциация двух заболеваний, характеризующихся тоническими судорогами: отставание в росте говорит «за» гипофосфатазию и «против» идиопатической гипокальциемии. Важно также оптимизировать выбор и последовательность проведения лабораторных и функциональных исследований в отношении максимального повышения вероятности и быстроты установления окончательного диагноза в условиях, если это возможно, минимизации стоимости. Таким путем осуществляется движение к окончательному диагнозу, который и является основанием для подбора адекватной терапии.
Следует иметь в виду, что процесс диагностического рассуждения может возвращаться к предыдущим шагам и состояниям, удаляя некоторые допущения и аргументы из соответствующих множеств и рассуждая заново с учетом новых фактов (аргументов) и принятия новых допущений. В этих случаях проблема управления выбором правил вывода превращается в проблему реализации рефлексивного поведения системы [10].